В первом квартале 2026 года ФНС провела 42 выездные проверки крупнейших налогоплательщиков против 13 годом ранее, что говорит об ужесточении контроля за правомерностью использования льготных режимов.

Компании, которые одновременно применяют несколько механизмов господдержки — например, СЗПК, ФИНВ, региональные ИНВ, статусы резидентов ТОР или ОЭЗ, — оказались под пристальным вниманием ФНС. По словам главы РСПП Александра Шохина, для ряда организаций суммы доначислений и штрафов сопоставимы с годовой выручкой и прибылью.

В 2026 году налоговые органы усилили контроль за правомерностью использования льгот, что подтверждают данные ФНС и эксперты. В первом квартале 2026 года количество выездных проверок крупнейших налогоплательщиков выросло до 42 против 13 за аналогичный период прошлого года, а средняя сумма доначислений увеличилась на 58%, достигнув 223,5 млн рублей. Всего за январь — март крупному бизнесу доначислили 9,4 млрд рублей, что в 8 раз превышает показатели прошлого года. Об этом пишут «Ведомости».

Основной конфликт связан с отсутствием в Налоговом кодексе четких запретов на совмещение некоторых режимов, при этом Минфин занимает ограничительную позицию. В частности, в июле были опубликованы разъяснения, запрещающие совмещать преференции по СЗПК и статус резидента ТОР. Консультанты отмечают, что налоговики склонны агрессивно трактовать нормы, оспаривая правомерность одновременного использования льгот, что ставит под угрозу окупаемость крупных инвестиционных проектов.

«Понимаем желание увеличить поступления в бюджет. И понимаем, что в ряде случаев налоговая действует в пределах своих компетенций. Но в таких условиях стимулировать инвестиции довольно сложно», — сказал Александр Шохин.

Представитель ФНС в свою очередь сообщил, что ведомство применяет риск-ориентированный подход ко всем отраслям и проводит анализ динамики значимых показателей, включая объем получаемых льгот. Проверки инициируются в тех случаях, когда налогоплательщики отказываются от добровольного уточнения обязательств после получения уведомлений о выявленных рисках.