Чек можно сформировать заново задним числом.

Самозанятый случайно аннулировал чек по оплате от заказчика в приложении «Мой налог» и спросил в чате ФНС, что теперь делать.

Налоговая рекомендует сформировать чек в приложении заново задним числом.