Отслеживать наличие вторых экземпляров УПД с подписью и печатью от заказчиков – необязательно.

ИП на УСН-плательщик НДС, оказывающий транспортные услуги, не обязан выставлять именно УПД. Также не нужно отслеживать наличие вторых экземпляров УПД с подписью от заказчиков.

Если у ИП нет такого документа с подписью и печатью заказчика – ему ничего не грозит.

Но использовать именно УПД не обязательно. Может быть просто счет-фактура, в котором не предусмотрена подпись заказчика, и акт, в котором написано, что если в течение конкретного срока заказчик не предъявил претензии – услуги перевозки считаются оказанными.

Также может быть такое условие в договоре на перевозку: если в течение какого-то времени после выставления УПД заказчик не предъявил претензии, услуги считаются оказанными.

Это нужно в первую очередь самому ИП, чтобы не было претензий от заказчиков спустя какое-то время.