Если не учли НДС в договоре, его можно добавить в допсоглашении. Но это решается самими сторонами.

В чате ФНС налогоплательщик на УСН с НДС спрашивает: как поступить, если контракт уже закрыт, отгрузка прошла, и деньги перечислены, но без учета НДС.

Хотя отгрузка должна быть с НДС: медицинские товары, часть из которых освобождена от НДС, а часть облагается НДС. Добавлять ли в дополнительном соглашении НДС к сумме договора – спрашивает пользователь.

Налоговики напомнили, что некоторые медицинские товары отечественного и зарубежного производства из перечня, утверждаемого Правительством, не облагаются НДС (подп. 1 п. 2 ст. 149 НК).

Но вопрос увеличения суммы контракта на сумму НДС (для облагаемых НДС товаров) решают сами стороны договора.