Без дополнительного соглашения стоимость услуг будет включать НДС.

Если плательщик УСН превысил лимит в 60 млн рублей, из суммы превышения нужно выделять и платить НДС. Как это сделать – выделить НДС из суммы превышения или начислить его сверху?

Нужно уведомить контрагентов об изменении статуса и предложить заключить дополнительное соглашение к договору, где будет описан порядок расчета НДС.

Без согласия контрагента в одностороннем порядке увеличить цену договора на сумму НДС нельзя.

А без дополнительного соглашения стоимость услуг по договору будет включать НДС.