Если в компании есть как облагаемые, так необлагаемые операции, то надо вести раздельный учет по НДС.
Входящий НДС по облагаемым операциям идет на вычет. Входящий НДС по необлагаемым операциям учитывается в стоимости этих товаров, работ, услуг.
Если товары, работы, услуги используются и для облагаемых, и для необлагаемых операций, то входящий НДС частично идет на вычет — в пропорции.
Эта пропорция определяется исходя из стоимости отгруженных облагаемых товаров (выполненных работ, оказанных услуг), в общей стоимости отгруженного (выполненного, оказанного) за квартал.