Информация в этой системе будет открытой и бесплатной (за некоторыми исключениями), что позволит избежать распространения семян неизвестного происхождения.
Обязательность ФГИС не касается физлиц и фермеров, которые используют семена для собственных посевов.
Идентификация и аутентификация в системе происходят через ЕСИА. Оператором системы — Минсельхоз.
Кроме того, регламентирован порядок ввоза и вывоза семян сельскохозяйственных растений. Это смогут делать юридические и физические лица, в том числе ИП, через специальные пункты пропуска. Также введены правила ввоза семян для научно-исследовательских работ и образовательных целей.